一、菌丝尖端脱毒法
使用规格为90毫米或110毫米的培养皿。无此规格培养皿时，也可改用规格为25毫米×200毫米的大型试管，但操作不太方便。 先按常规制备母种培养基，装入三角瓶，棉塞封口，加皮纸包封；同时将培养皿洗净后用牛皮纸包好。二者同时进行灭菌处理。121℃下灭菌30分钟，待灭菌锅内压力为零时，取出灭菌物，放入事先消毒的接种箱。打开牛皮纸包封，一手持培养皿，一手持三角瓶，利用手指调控使培养皿上盖开启约1～2厘米，倒入培养基液体约10～20毫升，盖严。将培养皿平置，冷却后成一光滑平面，俗称平板 。平板冷却至30℃以下时，接入待脱毒菌种。接种方法：挑取米粒大小的一块种源，接入平板边缘。接种后置于规定温度下培养〔视品种调控温度）。当菌丝萌发至最长为2厘米时，用尖刃接种工具切取菌丝尖端0.4毫米以下，接入新制平板上。此为1次脱毒。一般可连续脱毒3～4次。脱毒次数越多，脱毒效果就越有保证。
二、无底试管脱毒法
原材料准备
1、无底试管：把待用的试管底部用玻璃刀划掉，使其成为两端都敞口的无底试管。
2、培养基配制：取木屑另加1%石灰、0.5%尿素以及适量水配成含水量55%的培养基。
3、其它：高压灭菌锅、棉塞、比上述无底试管略小的试管一根（如果无底试管直径为20mm，那这根试管直接则为18mm左右）。
操作步骤
取上述培养基分成两小断装入无底试管中，具体方法：装料时先用直径小一点的试管插入无底试管内4cm处，然后装料约2厘米后压实；接着装另一端，用手把培养料握成团，然后把试管口对着培养料团插进去2cm左右，再把另一头直径小一点的试管取下来从这一头把培养料向中间推进去，距离另一端培养料约1cm处，最后两头用棉塞封口.
注意：高压锅灭菌时试管要横放，不能竖放，其它操作按常规.
接种时把母种接到任何一端就行了，等平菇菌丝长满了一端培养基后，其爬壁菌丝会隔空长到另一端培养基上，等到长满另一端后就可以取另一前端菌丝接种了。
本方法特点：1、培养料的一高一低（高碱、低营养）抑制了其它微生物的生长；2、利用平菇菌丝爬壁力强而细菌不能爬壁的特点。经过这样处理后再转接出来的菌丝，纯正、粗壮有力。大家不妨一试。
三、断桥脱毒法
任何一个好的平菇品种，如果连续栽培，也会出现退化、变异现象。山东省寿光市田柳镇闫家村菇农李法升依据马铃薯脱毒种连年种植不退化、变异的原理，琢磨出了对平菇菌种进行脱毒提纯复壮的好方法，有效防止了品种的退化和变异。 他的办法是用常规法制备PDA培养基，在培养基凝固后，在无菌条件下，用接种耙把培养基斜面最前端较薄的培养基断开约1厘米，把待接母种接在试管中间培养基上，当菌丝长到断开处时，则会继续伸长，穿越断开处，伸入前端的小块培养基上，经过断裂又伸长，菌丝显得格外粗壮、有力。转接时，挑取小块培养基最前端的一块组织，按常规接种，这样经过四次尖端挑取培养，便可甩掉病毒。
李法升给这种简单的脱毒方法取了一个名字： “断桥式脱毒技术”。采用这种办法培养的平菇菌种发菌快，产量明显提高。在污染严重的年份，能避免因杂菌污染造成减产。他还建议，在使用该方法的同时，也要改良常规PDA培养基的配方作为脱毒的配套措施，只有这样，才能培养出优质高产的平菇菌种。
四、原基组织脱毒法
该技术最大程度革除了原有组织分离时子实体处于生长中后期，携带病毒、病菌可能性极大等弊端，真正实现了分离尖端组织的脱毒目的。
具体操作为： 常规配制基料，调破氮比为30∶1。碳氮比不可小于25∶1，以免菌丝过度旺盛生长结成菌皮，不易现原基。大口罐头瓶洗净、备用。准备数块又11厘米×11厘米的纯棉纱布。装料至瓶口下1厘米时，从瓶口处铺上一层纱布，用平口螺丝刀将纱布边缘插至瓶下，使之紧贴瓶劈。封口灭菌、接种、培养等操作按常规进行。待菌丝发满瓶后，施行温差、湿差、光照等刺激，一般约7天即可现出原基。此时原基的形态是白疙瘩 。待原基高至1厘米时，即可进行脱毒分离。 将菌瓶用75％酒精擦洗后，移入已消毒的接种箱，箱内不再进行常规熏蒸。同时准备接种针（或接种钓）、多个刀片（以备交替使用），与菌瓶一同放入接种箱中，喷洒新洁尔灭以确保无菌操作。两手用75％酒精擦洗，伸入接种箱，将刀片进行灼烧灭菌后手持冷却。打开菌瓶封口，两手配合用无菌镊子取出原基。由于料面覆盖一层纱布，故不会将基料带出，操作方便。用刀片将原基表层削去约1毫米，然后用尖刃刀片将原基划切，使每块大小1毫米2左右。用接种针将分离的原基块移入平板或大型试管进行常规培养。
操作要点：一是用刀片进行削、切时，每切一刀须更换一次刀片；二是分离块接入时须靠边缘投放，可接在平板的边缘或试管的最前部，一般不居中接入。
五、干扰素脱毒法
在食用菌菌种脱毒应用干扰素目前仅停留在理论上，目前还有待进一步研究，这将是未来食用菌菌种脱毒的一个新方向。
